分子动力学研究抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制

原子与分子物理学报, 2015, 32(5)

Journal of Atomic and Molecular Physics, Oct. 2015, Vol.32, No.5

摘要：

采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制。研究结果表明范德瓦尔斯作用主控了APV与HIV-1蛋白酶的结合。采用基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用，结果表明9个残基Gly27、Ile32、Val47、Ile50、Ile84、Ala28'、Gly49'、Ile50'和Arg87'与APV产生了大于1.0kcal/mol的强相互作用，而且证明CH-π，CH-O相互作用和极性作用是其结合的主要形式.期待该结果可以为以HIV-1蛋白酶为靶标的抗艾滋病药物设计提供理论上的指导。

关键词：分子动力学，结合自由能，HIV-1蛋白酶，MM-PBSA

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