高通量测序技术用于丙型肝炎病毒感染溯源调查

中华预防医学杂志, 2016, 50(6)

Chin J Prev Med, 2016, Vol.50, No.6

摘要:

目的 建立检测丙型肝炎病毒(HCV)准种群的Hiseq高通量测序(Hiseq测序)技术，并调查一起疑似通过共用针具传播HCV的案例。

方法 针对2015年1月15日在美沙酮门诊发现的1例HCV抗体阳转静脉注射吸毒者(编号P1)，调查在其可能感染HCV的时期内(2014年3月24日之后)与其共用针具、HCV抗体阳性的4例静脉注射吸毒者(编号P2～P5)的流行病学息，并以与P1在同一美沙酮门诊服药或者居住在同一乡镇、HCV抗体阳性的28例静脉注射吸毒者(编号C1~C28)作为研究对照。分别采集上述33名的全血样品5ml，提取血浆中的RNA并逆转录后进行HCV基因亚型分析，对亚型与P1相同的样品进行Hiseq测序，分析样品中HCV的准种分布情况，计算样品内和样品间的基因离散率，绘制系统进化树。

结果 P1样品的基因亚型为3b，与其亚型相同的样品有P2、C7、C12、C14、C15、C16、C19、C20、C28。其中 9 份成功进行了 Hiseq 测序，获得的有效序列数为249 753~1 086 333条(平均869 608条)。剔除重复序列后，获得3~172个(平均48个)独特准种群的序列。9份样品的样品内基因离散率中位数(P50)为0.4%~12.3%；P1与其余8份样品间基因离散率的P50(P25, P75)分别为19.0%(18.4%, 19.8%)、10.4%(2.8%, 18.3%)、19.6%(17.8%, 21.4%)、24.9%(23.8%, 26.1%)、19.8%(18.7%, 20.7%)、20.1%(18.9%, 21.2%)、20.6%(20.0%, 21.1%)、23.6%(22.4%, 24.8%)，差异无统计学意义(T=9.40, P=0.100)；P1与C7个别准种群间的基因离散率为0。系统进化分析显示，P1与P2之间无传播关系，但与C7之间可能存在传播关系。

结论 Hiseq测序技术可以在准种水平上有效地用于HCV感染溯源调查，具有高通量、操作较简便、成本相对低、实用价值较高的特点。

关键词: 肝炎，丙型，分子流行病学，高通量测序技术

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