广西HIV-1流行株env基因C2V3区序列特征和亚型研究

中华疾病控制杂志, 2015, 19(12)

Chin J Dis Control Prev, Dec. 2015, Vol.19, No.12

摘要：

目的 研究广西艾滋病病毒1型流行株的亚型及env基因C2V3区序列变异特征｡

方法 2009-2012年共收集138份广西HIV-1感染者血浆样本，提取病毒RNA，用巢式聚合酶链反应对env基因C2V3区序列进行扩增，并测序，用MEGA､HyPhy等软件对序列信息进行分析｡

结果 138份样本中，CRF01_AE亚型72例；CRF08_BC亚型40例；B亚型13例；CRF07_BC亚型8例；C亚型2例｡各亚型基因离散率分别为：CRF01_AE（0.052±0.053）；CRF08_BC（0.044±0.048）；CRF07_BC （0.030±0.041）；B亚型（0.024±0.044）｡各亚型之间基因离散率差异无统计学意义（F=1.260, P=0.291）｡CRF01_AE的负向选择压力比CRF08_BC大（t=10.060, P<0.001）｡共发现7种V3环顶端四肽，其中CRF01_AE有6种，CRF08_BC亚型有2种，两者均以GPGQ为主；B（B’）亚型有2种，以GPGR为主，CRF07_BC仅出现了1种｡在CRF01_AE亚型和B亚型中分别发现了新的V3环顶端四肽GPGM和GTGR｡各亚型辅助受体均主要为CCR5｡

结论 CRF01_AE亚型在广西HIV-1流行株中占优势，其V3环顶端四肽以GPGQ为主｡CRF01_AE亚型和B亚型V3环序列出现了新的变异特征｡广西HIV-1流行株主要为巨噬细胞嗜性的非合胞体诱导型｡

关键词：HIV-1，基因，env，变异（遗传学）

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